Если возникла острая необходимость для таких действий, прежде всего рекомендую создать под woocommerce git репозиторий (например на GitLab) и создать отдельную ветку develop под кастомизацию и ветку под исходный плагин. Так при обновлении плагина woocommerce ты сможешь делать merge request между исходной и кастомизированной веткой, не потеряв тем самым свои наработки. И уже после этого из репозитория деплоить плагин в рабочий проект.
Если речь не именно о глобальном изменении ядра woocommerce а о новом функционале, лучше создать отдельный плагин.
