серьезных игр на webgl нет, забудьте. из-за старого opengl графика все равно будет убогая. если не ошибаюсь вы видели не q3, а q2...
а портируют с нуля, берут и пишут ручками, из старой игры можно взять текстуры, модели, насчет шейдеров уже не уверен, ну и код естественно переписывать там С а тут js.
webgl подходит только для красивых небольших 3д презенташек, а также очень быстрый рендеринг 2d, для 2д игр пойдет.
Как они умудряются портировать карты из пк версий?
карты это набор 3д моделей разных объектов, для webgl по большей части нужно сконвертировать формат этих моделей.
из готовых движков есть Unity3D там вроде бы есть экспорт в webgl, но многого от этого не ждите.