Если у вас git и код в WSL, то IDE тоже надо запускать из WSL, а не из Windows
В примере с VSCode
sudo apt install code
cd ~/my-git-project
code .
VScode в WSL имеет свои настройки, плагины и т.п., которые лежат отдельно в папке вашего юзера WSL
~/.vscode-server/
, отличающиеся от инсталляция в винде.