Можешь передавать скриншоты и координаты мыши) А там уже эмулировать) Дело тут обычное. Сами окна не отверстать в браузере. Остается только скришоты потоком слать. Дальше разговор только об оптимизации этого процесса. Гугл хром вобще же может как тимвьювер работать?
Ну если конечно приложение это ваше то можно попробовать снимать с него действия и рендерить это паралелльно в html