Вот есть база данных на phpmyadmin. Можно ли где-нибудь прописать конфиг или правило, запрещающий обрабатывать запрос TRUNCATE или DROP например?
Создание пользователя без прав на TRUNCATE и DROP не предлагать.
Именно интересует можно ли правило или конфиг составить такой?
Именно в phpMyAdmin? А какой смысл? Или у вас злоумышленники только через phpMyAdmin могут работать с MySQL? Тогда просто сделайте необходимые изменения в коде phpMyAdmin, он весь открытый и без проблем редактируется, не на всех хостингах, но на многих.