Если мне не изменяет память, то Fn - это аппаратная особенность клавиатуры. Тоесть кнопка F1 посылает один сигнал, а комбинация Fn+F1 совсем другой. Fn как таковая не посылает никакого сигнала в систему.
Таким образом вам нужно переназначать все сочетания клавиш в соответствии в итоговым кодом. Это несколько сложнее, чем переназначить одну клавишу.
Можно поискать утилиты по ключевым словам remap/rebind keys (пример
https://msdn.microsoft.com/en-us/globalization/key..., не знаю есть ли там сочетания). Но тут все зависит от функционала сочетаний.
Например у меня есть сочетание Fn+Space, которое меняет уровень подсветки клавиатуры, но оно никак не передается в систему (хардварная реализация).