Скорее всего, сам диск при длительном простое паркует головки для экономии электроэнергии. Если вас это не устраивает (верно ли я понимаю, что вам не нравится долгий "разгон" из этого состояния?) - можете настроить скрипт, который периодически будет производить работу с диском.
Допускаю вероятность, что при помощи служебного софта Seagata можно отключить автопарковку.