Если у вас устройства подключены по COM-портам, то чем вам поможет проброс PCI? У вас на хосте виртуализации должно быть соответствующее количество доступных COM-портов, которые можно аппаратно пробросить внутрь виртуалки. Один порт можно пробросить в одну виртуалку. Соответственно, если у вас есть 10 аппаратных COM-портов, вы их можете пробросить в 10 виртуальных машин.
Другой вопрос, что у современных компов с COM-портами вообще туго, и решить вопрос с их (портов) количеством можно только путём установки отдельных много-COM-портовых плат. А тут уже вступает в дело вопрос наличия драйверов на эту железку под ту систему, которая будет работать на хосте.
Есть, конечно, ещё вариант USB-to-COM, но тут вам точно не по пути с Hyper-V, потому что у Microsoft проброса USB внутрь виртуалок нет, и не будет. А в VMware это есть. Есть ещё всякие штути, типа USB Anywhere, но вот как будет работать связка "USB-COM-переходник ---> USB AnyWhere hub --> TCP/IP ---> виртуальная машина" -- это большой вопрос, и боюсь, ничего, кроме смелого практического эксперимента, на него тветить не сможет.