Не гоните на Windows.
Дело не в файловой системе.
Дело в том, что nix-овый софт традиционно использует запуск процессов на каждый чих.
В nix это дешевая операция.
Вот весь софт и заточен чтобы делать элементарные вещи через запуск скриптов, а в Винде следовало бы делать через вызовы АПИ.
Неужели до сих пор ни кто не придумал платформу для разработки на Windows, что-то типа интегрированной системы Linux + Ext4 с чтением/записью в Windows.
Microsoft и Ubuntu - придумали уже несколько месяцев как.
С лета 2016 в Windows 10 встроена подсистема Linux на базе Ubuntu
Попробуйте, может, решит вашу проблему.
Там правда не файловая система (думается не в ней и проблема).
А утилиты, API - имхо, в них и был затык.