Используйте папки-поддиректории:
nickname.github.io -
корневая директория сайта (главная страница)nickname.github.io/site 1/ -
поддиректория 1 (папка сайта 1)nickname.github.io/site 2/ -
поддиректория 2 (папка сайта 2)nickname.github.io/site 3/ -
поддиректория 3 (папка сайта 3)Оригинал 
