Современный антивирус это не просто "копатель в файле". Другими словами одним лишь набором статических сигнатур не обойтись! Нужны проактивка, эвристика и ряд других мер. При этом надо учитывать, что технологии эмуляции убирают часть проблем, но не все и остается еще ооочень много угроз.
Я к тому, что простых решений, как вы хотите нет. Нужно отдавать себе отчет. Что сканирование на вирусы на Linux машине на предмет малвари под Windows будет в разы хуже чем на Windows машине.