Слишком общий вопрос. Ну это как спросить в каких автомобилях есть кондиционер...
Тут стоит опираться на решаемые задачи, перечень есть, но он будет очень длинный...
То есть необходимо выбрать целевую категорию приложений, и уже потом изучить возможность ими поддержку запуска с параметрами.
Достаточно многие приложения можно запустить как через GUI, так и через командную строку с параметрами.
Консольные приложения с параметрами удобнее всего запускать через FAR Manager.
По Ctrl+O можно посмотреть консольный вывод и в случае ошибки откорректировать командную строку.
Иногда в состав ПО идут отдельные консольные модули.
Ну например, 7z
Есть 7z, а есть 7zfm.