Изменяя настройку бесплатной доставки в "Перевозчики" >> "Настройки" Вы задаете параметры для всех способов доставки, когда либо созданных. Верните настройки по умолчанию.
И настройте правильный диапазон для каждого способа доставки отдельно.
В одном из способов доставки, в шаге "Место и стоимость доставки" (по-моему 2-й шаг при создании/изменении способа доставки) выберите:
☑ "В соответствии с общей ценой."
Будет применено если цена >= (больше или равно): 1 руб.
Будет применено если цена < (меньше чем): 20000 руб.
☑ Europe (non-EU) (в эту зону входит Россия): 200 руб. (или сколько там у Вас доставка стоит)
Потом добавляете еще один диапазон, нажав на кнопку "Добавить новый диапазон", и выбираете:
Будет применено если цена >= (больше или равно): 20000 руб.
Будет применено если цена < (меньше чем): 9999999 руб.
☑ Europe (non-EU) : 0 руб. (то есть бесплатно)
Всё. Теперь для данного способа доставки у Вас будет так:
Если в корзине товара меньше чем на 20000 то, доставка платная (в данном случае - 200 руб.), если больше 20000, то бесплатно.
По аналогии настраиваете другие способы доставки.
В вашем случае второй способ доставки будет с одним диапазоном:
Будет применено если цена >= (больше или равно): 1 руб.
Будет применено если цена < (меньше чем): 9999999 руб.
☑ Europe (non-EU): 300 руб. (или сколько там у Вас доставка стоит)
Также, если Вы работаете не только по России, то не забывайте назначать цены и для других зон (и регионов).
Настройка зон и регионов это уже отдельная тема.