Ставите сначала Винду на флешку, потом загружеаетесь с неё, отделяете свободное место на флешку под Линукс (стандартными средствами Винды, рабиение жёсткого диска в панели управления). Загружаетесь с установочной флешкой и ставите на флешку с виндой Линукс, разделив свободное пространство (не трогая раздел с виндой). Установщик Линукса установит GRUB, который по идее должен создать пункт Windows Loader в меню загрузки.
