Понятно, что можно как угодно, интересует как люди делают.
А люди делают как угодно, кто во что горазд.
По поводу рута - если задачи которые вы решаете однозначно требуют прав рута, то можно и под рутом.
Хотя обычно подключаешься под юзером, и потом повышаешь права.
В некоторых случаях вход под рутом вообще запрещается, все от конкретной ситуации зависит.
Ключи не панацея, хотя с ключами банально удобнее да и безопасность выше.