Чтобы удалить файлы без возможности восстановления, нужно чтобы блоки данных занимаемые эти файлами были перезаписаны рандомными данными или нулями. Для этого есть специально ПО, коего в интернете полно. На unix-подобных системах это делается с помощью dd например.
Забиваем диск sda1 рандомными данными:
dd if=/dev/urandom of=/dev/sda1 bs=100M count=5
Забиваем диск sda1 нулями:
dd if=/dev/zero of=/dev/sda1