Случайно набрел на ваш вопрос в гугле :)
Отпишусь, вдруг интересно до сих пор.
Нельзя добраться до методов (или как там они называются) объекта window, пока они не определены. Определение yaCounter происходит после подгрузки скрипта watch.js (его, в свою очередь, запрашивает код метрики, размещенный у вас на страницах). Т.е. сразу после загрузки кода страницы этого сделать нельзя.
Но можно дождаться $(window).on("load") - это с помощью jQuery. И после полной загрузки страницы попробовать получить доступ к yaCounterXXXX в window.