Использовать бутстрап для рядовых проектов (даже интернет-магазинов), всё равно, что пытаться добраться до ближайшего магазина за углом, используя скоростную машину или самолет.
Все эти примочки, которыми напичкан бутстрап никогда не пригодятся на 99,5% сайтов.
Например, бутстрап обязывает использовать дополнительные зарезервированные классы, которые, казалось бы, ускоряют верстку, но на самом деле, мешают другому человеку (не знакомому с бутстрапом) и заставляют изрядно попотеть, чтобы разобраться во всех этих классах.
95% дизайн макетов не рисуются по сетке, оптимизированной под верстку с бутстрапом. Половина из этих макетов вообще рисуется безо всяких сеток. Тут всплывает еще один момент - получается, мы пытаемся запихнуть бутстрап в макеты, которые рисовались совсем без рассчета на бутстрап. Большинство дизайнеров вообще знает ничего о бутстрапах. Хорошо, если они умеют грамотно использовать сетки.
Могу перечислять причины недовольства веб-мастера еще очень долго, т.к. сам являюсь противником использования бутстрапа в обычных сайтах. Бутстрап создан для разработки интерфейсов - для них и нужно его применять.
Вывод один: не использовать бутстрап, работая в команде с людьми, которые не работают с бутстрапом. Он раздражает всех, кто не читал документацию по нему. Да и тех, кто прочел документацию и решил, что использовать бутстрап - это извращение - тоже достаточно большое количество.