но ведь если я на своём компьютере в репозитории внёс изменения, то мой репозиторий будет отличаться от того что на удалённом сервере. мне показалось логичным что при Pull будут внесены изменения в репозиторий, как то это странно.
1) у вас два репозитория. Локальный и удаленный.
2) pull забирает изменения из удаленного репозитория и синхронизирует их с локальным
3) если в удаленном репозитории ничего нет - вы ничего не сделали.
4) push точно так же отправляет изменения из локального в удаленный реп
5) читаем книжку pro git: https://git-scm.com/book/en/v2