Если в приложении продаются цифровые товары или услуги — то по правилам стора, оплата должна проходить через него.
Если продаете реальные товары (доставка цветов, вызов уборщицы и тд) — то можете использовать любой внешний эквайринг.
Кроме того, у нас в Яндекс.Кассе есть методы приёма платежей, не требующие технической интеграции с приложением — для некоторых типов бизнеса это вполне удобно: например, человек оставляет заказ в приложении, менеджер ловит заказ в CRM и выставляет счёт на e-mail или в смс.