Можно написать скрипт, который в цикле (например, каждые 1 с) будет проверять наличие определенного файла на флешке. Если к файлу нет доступа (нет флешки), то блокировать клавиатуру и мышку. Дополнительно можно поверх всех окон выводить какой-то рисунок.
Думаю, что знаю как это сделать под WIndows, на Autoit.
Еще есть вариант реализовать скриптом на python, кроссплатформенно.