Работал над одним сайтом, который регулярно подвергался атакам и его приходилось постоянно "поднимать". Использовал сканеры от Positive Technologies и
METASCAN, оба хорошие, но МЕТАСКАН мне понравился больше, там был более понятный интерфейс и довольно подробный отчет о сканирование. Ко всему прочему, просканировал не только на предмет веб уязвимостей, еще проверил системные уязвимости и даже, ради интереса, попробовал побрутить SSH. В общем просканировал всю инфраструктуру и нашел уязвимости в OpenSSH и парочку страниц c XSS, после того как все подправил сайт перестал "падать".