Тебе же сказали что папка не пуста.
команда
create-project --prefer-dist yiisoft/yii2-app-basic myProject
создаст папку myProject и закинет туда необходимые файлы. Если папка есть, то проверит наличие в неё левых файлов, если они есть, значит надо прервать выполнение ибо программист видимо ошибся. Этот набор команд предназначен исключительно для создание с нуля шаблона приложения, а не для добавления yii2 к проекту.
чтобы была иерархия myProject/файлы yii
нет, такой иерархия быть не должна, она должна быть myProject/vendor/yiisoft/yii2
но это детали.
У тебя в проекте есть файл myProject/composer.json
в нем должны быть строки такого рода
"require": {
"php": ">=5.4.0",
"yiisoft/yii2": ">=2.0.5",
"yiisoft/yii2-bootstrap": "*",
"yiisoft/yii2-swiftmailer": "*"
},
"require-dev": {
"yiisoft/yii2-codeception": "*",
"yiisoft/yii2-debug": "*",
"yiisoft/yii2-gii": "*",
"yiisoft/yii2-faker": "*"
},
и тогда тебе достаточно будет выполнить
composer install
более подробно читай в
документации composer