Нужно понимать следующее. Сам по себе yii является таким же пакетом, как и любые другие, доступные
здесь (и не только) с точки зрения composer'a.
Поэтому, если вы собираетесь активно использовать composer для управления пакетами (в том числе и js/css при помощи bower-asset'ов), то отходить от стандартной схемы установки пакетов нет никакого смысла, а стандартное место - папка vendor в корне проекта. К тому же, каждый пакет, который вы устанавливаете, может тянуть за собой свой composer.json со своими зависимостями.
Вы можете назвать причину, по которой вам требуется отойти от этой схемы? Возможно мы сможем помочь, если будем понимать причины.
