Алексей: вынуть диск, прогнать mhdd, поставить в другой мак, сделать тестирование или подключить по FireWire как внешний диск и прогнать диагностику не извлекая диск (это сканает и с ssh). Если это ssd - то в сервис.
Евгений Быченко: Я сделал по-другому. Снес том Recovery HD и создал новый с установочником El Capitan. Место заняло на порядок больше, но зато решил проблему