Некоторые знакомые ребята пользуются некоей X Separate Screens, которая встроена в проприетарный драйвер NVidia. Вообще как-то задавался таким вопросом, в одном jabber-чате сказали, что если готов достаточно покрасноглазить, то руками и напильником можно такое сделать, я вобщем сам не углублялся. Возможно это ещё зависит не только от наличия двух дисплеев, а от наличия двух независимых видеокарт. А какие задачи планируется решать? Может посмотреть в сторону WM, которые умеют хорошо работать с независимыми воркспейсами? Например XMonad (набор воркспейсов к дисплеям только биндится, то-есть можно открыть на одном из дисплеев воркспейс, который до этого был открыт на другом)? Или dwm, у которого каждый из дисплеев имеет свой независимый набор воркспейсов (что при сноровке в общем-то можно реализовать и в XMonad).