1. Регистрировать вы можете на кого угодно. Но в итоге, по закону, у вас особо прав не будет потом в случае споров . Смотря, конечно ,какая форма владения. Обычно у нас в Украине регистрируют магазины на ФОП, то есть на одно лицо. В таком случае это лицо может в любой момент послать вас куда угодно). Другое дело ООО (ТОВ). Но это бумажная волокита всё равно.
2. Да, должен. Иначе налоговая прикроет.
3. Есть ограничение по группе налогообложения. Но там ограничение на денежный оборот. Кол-во магазинов, по-моему, роли не играет. Главное, чтобы по вашей группе вы не превышали установленный оборот.