А именно, письма посланные не со своего адреса могут быть восприняты почтовыми сервисами
как спам.
Ну да, я сразу об этом подумал. Они же точно знают какая почта должна быть именно у ТП вашего сайта? Не так ли?)
Для этого есть поле: "Reply-To:"
Зависит от уровня сервиса, количества пользователей/клиентов и условий сервиса:
1. Если это фидбэк - почта.
2. Если это просто ТП юзеров и время реакции 48 часов - можно и в админку.
3. Если это ТП по договору - тикеты в helpdesk.
Оповещалку на критические сообщения (тема: "Недоступен ....") - можно сделать на XMPP/SMS.
Обычно делается так:
1. делаем враппер-прокси для SMTP порта, и биндовку реального порта на 127.0.0.1
2. мониторим в транзитном режиме всю почту
3. распределяем в БД сайта в зависимости от темы/текста и т.д. (можно и статистику по спаму собрать)))
4. "дёргаем" активатор очереди триггер-обработки (для работы с письмами): оповещаем демона по сокету, что в БД пришло письмо в очередь на обработку и не плохо бы "заняться делом")
5. что нужно - переправляем дальше непосредственно в Inbox.
Ваш вопрос относится к теме: организация коммуникаций и работа с обращениями в ТП посредством MailFlow. Хотите "красиво" - это сложный отдельный сервис, который нужно проектировать и создавать.