Хардварные ограничения: текущий стандарт адресации (2003 года) LBA-48 требует 48-битные абреса блоков, т.е. 2^48 блоков - устройства до 128 ПиБ.
По софту:
Старый MBR ограничен в 2,2Тб, есть такое. Размечать диск надо будет в GPT, там 64-битные адреса.
Debian - это вам не странные windows, а нормальный Linux. Никаких бредовых ограничений на использование GPT нет. Хоть системный, хоть загрузочный, хоть с UEFI, хоть с BIOS - ему всё равно. Будет загружаться и работать как ни в чём не бывало.