Вижу пока один вариант, сделать папочку им, создать пользователя, и разрешить только FileManager, тогда зайдут в него и спокойно в нем и зальют. С другой стороны интерфейс у него сложноват, я все же через FTP делал.
Либо делать то что выше, учитывая факт, что много готовых движков в репозитории.