К сожалению вы не написали для какой системы оно надо, но я бы пошел по принципу (используя PowerShell если возможно):
1. Получили список файлов с диска А;
2. Получили список файлов с диска Б;
3. Массив с именами файлов Б - А = ненужные файлы в новый массив С;
4. Удалить объекты с диска Б по списку массива С.
Или берем любую систему резервного копирования и делаем нормальные бэкапы (предварительно составив план резервного копирования) двух типов
полные и инкрементальные/диференциальные на ваше усмотрение. Составить расписание и время хранения копий. И у вас всегда будет актуальная информация в копии.