1) Можно простым скриптом, который поставить по умолчанию для открытия .torrent файлов. Этот скрипт должен просто перемещать файл, переданный в качестве параметра, в нужную сетевую шару. Например: #!/bin/bash
if ! [ -z "$1" ]; then
mv "$1" /mnt/shara/
fi
торренты, которые уже есть в списке и так не закачиваются повторно, я виндовый юторрент давно не юзал, но помнится это окно с выбором файлов можно отключить в настройках
2) Предлагаю воспользоваться программами, которые автоматически закрывают окошки. Я так понял, что монитора у ВинХР всё равно нет, пусть uTorrent «открывается» при добавлении торрента; диалоги будут закрыты обученной программы.