Да, я тоже замечал, что все эти клонаторы не всегда корректно клонируют бут-сектор. Мне в этом случае помогал запуск одной из утилит ремонта (восстановления) бута. Таких утилит много, в известном пакете 2k10 их с десяток: FixBoot, BootICE и т.д. Надо выбрать из предлагаемых правильный тип бут-сектора, и запуск ОС восстанавливается.
Всё вышеизложенное касается лишь диска, размеченного в формате MBR. Как оно делается в GPT, не знаю и знать не хочу, в силу непрозрачности и сложности для простого пользователя (я не профи), поэтому предпочитаю конвертировать такие диски в MBR.
UDP2: ...UPD3: ...
Надо покопаться в настройках страниц Boot и Security в BIOS Setup глюкающего компа, и возможно, свести их к исходным (заводским) настройкам. Также полезно будет поискать разницу в свойствах целевого и проверочного дисков: тип разметки, файловой системы, активный/неактивный раздел с ОС и вообще все различия, что покажут тесты.
Бывает несовместимость диск-ноут?
Никогда о таком не слыхал. Вся отрасль IT со страшной силой много лет бьётся за унификацию, а отдельные отщепенцы (Сони, Эппл) всё равно вынуждены возвратиться под крылышко стандартов, поскольку профит в конечном счёте всё-таки перекрывается потерями. Так что скорее всего у вас частный случай. Но тем интереснее найти суть и решение проблемы.