Вам тут уже все разжевали: делаете на микроконтроллере ФСК модем, соединяете его с микрофонным входом у компьютера и слушаете сигнал, после чего декодируете его. Драйвер тут никаким боком не вперся, но ПО для декодирования сигнала на компе писать придется, естественно. "перепрограммировать" аудиоразъем тоже не надо, у вас и так микрофонный вход есть. Неважно, отдельный или комбинированный.
Не хотите развлекаться с кодированием и декодированием данных - делайте соединение через COM-порт, это вообще easymode для новичков.
Хотите через SD-карту, изучайте работу с ней по SPI и работу с файловой системой.
Если у вас диплом горит а познания о микроконтроллерах в окрестности нуля, делайте обмен по COM-порту и не сношайте мозг заголовками, набранными капсом, это неприлично.