Для начала надо определиться, что значит "одинаковые слова". Если важен смысл слов, то это непросто (идти, иду, пойду, шёл - одно и то же слово).
Если слово берёте просто как цепочку символов, то всё проще. Открываете файл через open(name, O_RDONLY | O_BINARY)
, пишете подпрограмму, которая читает файл посимвольно, пропускает всё до первой буквы, читает пока не встретится небуквенный символ, возвращает слово. В основном цикле получаете из подпрограммы слово, записываете его в словарь. Если пишете на чистом C, то словарь придётся реализовать самому, например как дерево.
Затем также читаете второй файл и ищете слова в собранном словаре.