Как правило веб-приложения, участвующие в программах бб, не принимают репорты от автоматических средств анализа защищенности, но использовать их для поиска и последующей интерпретации результатов можно.
Что касается сканирования ресурсов, которые нигде не заявили о своем участи в бб программах, ну тут все довольно просто - мне нравится такая аналогия:
Представьте группу людей, которая ходит по подъезду и дергает за ручки входные двери в квартиры, осматривает замки, пытается засунуть туда отмычки - грабить они никого не хотят, просто проверяют замки на надежность! :)