one pavel: что-то можно, если приложение это специально поддерживает, как ты сказал, но я почти уверен, что автор имел ввиду не это. Вот на WinXP, помню, в школе, баловались - тогда можно было через стандартный API что угодно сделать с чужими приложениями.
С рутовым доступом можно делать что угодно. Без рута нельзя делать что угодно. В частности, сами программы изолированны друг от друга и "видеть" можно только файлы на миксроСД карточке. Если, допустим, WhatsApp кладёт туда файлы темы оформления...