у вас проблемма в виртуал хосте.
Для ее решения вам нужно действительно зайти в админку, создать новый сайт указав его явно а не в дефолтную папку и тогда вам будет счастье.
Если же нет то вам нужно сделать хотябы вот так.
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^!(www|)\.site\.ru [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://%{HTTP_HOST}/404.php [R=301,L]
Криванько конечно но уж получше чем ничего.
Вобще у вас проблема в том что вы положили сайтв дефолтную ловушку, по факту любые запросы идут в нее это типа /dev/null только для запросов сайта.
Вам нужно создать отдельный виртуалхост с явно указаным сайтом, для этого лезьте в админку создавайте сайт.
Скорее всего вы положили в базовую папку.
По мне так ее вообще нужно запрещять юзать.