CI ведь всегда очищает глобальную переменную $_GET. Помню, мне, чтобы это обойти, приходилось реализовывать какой-то костыль, а потом все больше и больше начал смотреть в сторону Kohana :)
Я посмотрел в статье, которая приведена в первом комментарии, CI очищает $_GET если использовать ЧПУ. А инструменты никто не бросает, просто использует те, с которыми лучше работается.