Главная, обычно, имеет самый большой вес как раз из-за того, что на нее ссылаются все остальные страницы сайта.
Если у вас и с других страниц нет ссылок, а только поиск, то преимущество Главной будет в 1 уровне вложенности.
Если все остальные ссылаются на Главную, а она "тупиковая", то с точки зрения продвижения это не есть хорошо.
Но ни а каких санкциях можете не переживать.