1. Запускаем gparted, усекаем раздел на флешке (может работать довольно долго, если надо быстро - сделайте образ флешки на жесткий диск через dd и работайте с ним).
2. Копируем таблицу разелов со старой флешки на новую через sfdisk + 446 байт в начале диска или же через gdisk
3. Копируем раздел через partclone или dd.