ЧПУ ЧПУ рознь. Важно не само наличие ЧПУ, а его логичность. Например /category/goods1 подразумевает, что это страница товара goods1 и что он принадлежит к категории category, и что есть такая категория и страница для нее. Это не влияет на SEO, но влияет на индексацию, что косвенно влияет на SEO.
Грубо говоря поисковику проще понять структуру сайта даже без sitemap. Что отобразится в поисковой выдачи, не факт, что позитивно. Чаще просто в большем кол-ве страниц в индексе или наоборот в меньшем, за счет ухода дублей.
При этом вес страниц /category/goods1 и ?cat=category&goods_id=1 будет одинаковым.