ls | grep -v -E 'poddir1|poddir2' | xargs rm -rf
Если нужно добавить еще одну папку, то прописывайте ее через оператор
|, то есть:
ls | grep -v -E 'poddir1|poddir2|poddir3' | xargs rm -rf
И не забудьте, что запускать команду нужно, находясь в каталоге
dir, иначе грусть :)