Многое не ясно... Что значит "собрана" программа, где она лежит, что значит "параллельно" и какая архитектура процессора?
В первом приближении ответы такие:
- в линуксе можно запустить программу, сделав файл исполняемым.
- если эта программа служит для прямого взаимодействия с железом (типа прошивка), то можно попробовать отредактировать загрузчик линукса так, чтобы был выбор - грузить линукс или эту прошивку.
Для более конкретных ответов требуются более конкретные вопросы :)