Ну, в общем их не так много:
* Веб. Java EE, сервлеты, портлеты, JSF, JSP, Spring, hibernate, вот это всё...
* Десктопная. Консольные и оконные приложения, Swing, JavaFX, что там ещё модно?
* Мобильная (Android, про JavaME не вспоминаем). Моя любимая. Читать
здесь.
Вроде ничего не забыл, но может кто дополнит. Ах да, вот - внутри сим-карты есть JVM, там тоже Java код выполняется, и кто-то его пишет :)