На локальном мы создаем рабочий каталог где разворачиваем свой репозиторий -> работаем с ним -> создаем чистый репозиторий -> отправляем его на сервер.
В чистом репозитории только папка .git, как люди будут работать с ним? И почему надо отправлять именно чистый?
Кто сказал?
Ты можешь создать репозиторий, накоммитить туда кучу всего и запушить, когда душе угодно.
Если запушишь пустой, значит начинать коммитить будет кто-то другой.
В чистом репозитории только папка .git, как люди будут работать с ним?
Он нужен только для клонирования и обмена коммитами через pull/push. При клонировании из него создаются файлы в последнем состоянии и закачивается история изменений. А при обмене коммитами оттуда или туда скачиваются только коммиты.