Боязнь доверять все пароли одной программе)
Где-то их хранить все равно надо.
Боитесь одной - создавайте различные базы данных, часть паролей в одной, часть в другой.
"Помнится недавно был ор, что базы данных легко ломаются с помощью dll инъекции, которая инициализирует процесс импорт базы данных и отправки на сервер злодеев"
Это к любой программе относится.
К программе с открытыми исходными кодами хоть не относится вот такое
https://habrahabr.ru/post/254899/