Если браузер ваш , то вы можете запускать все что угодно при нажатии на ссылку, а если браузер не ваш, то вам остается юзать то, что предоставляют сторонние разработчики.
К примеру skype/номер/email и т.д. для них есть специальные ссылки mailto, skype:, tel: (могу ошибиться, это только для примера).
Если приложение ваше, то вы тоже можете сделать нечто похожее на выше описанное(прочитайте про Intent/IntentFilters)