Fatal error: jni.h: No such file or directory?

Question

[ipatina]

Пытаюсь скомпилировать нативные библиотеки MPI из MPJ Express. При команде sudo make выходит ошибка :

[ 16%] Building C object CMakeFiles/nativempjdev.dir/mpjdev_natmpjdev_Comm.c.o
In file included from /usr/mpj/src/mpjdev/natmpjdev/lib/mpjdev_natmpjdev_Comm.c:37:0:
/usr/mpj/src/mpjdev/natmpjdev/lib/mpjdev_natmpjdev_Comm.h:2:17: fatal error: jni.h: No such file or directory
 #include <jni.h>
                 ^
compilation terminated.
make[2]: *** [CMakeFiles/nativempjdev.dir/mpjdev_natmpjdev_Comm.c.o] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/nativempjdev.dir/all] Error 2
make: *** [all] Error 2

JDK установлен. Пробовала подключать путь командой sudo make -I /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_73/include/
так же выходит ошибка.

Comments

[krypt3r]

Судя по всему, вам нужно юзать cmake, а не make. Что пишут по этому поводу в мануале по сборке? Также непонятно, зачем вы делаете sudo при компиляции

[ipatina]

Без sudo тоже самое. В мануале make:
3. Compile the JNI wrapper library (Mandatory)
a) Make sure cmake (2.6 or above) is installed on the system.
b) Create build directory: cd
$MPJ_HOME/src/mpjdev/natmpjdev/lib; mkdir build
c) Generate Makefile using CMake: cd
build; cmake ..
d) make: make
e) install:
make install
i. This creates a shared library with the name
“libnativempjdev.so”
in
“$MPJ_HOME/lib”

[ipatina]

Если удобнее: mpj-express.org/docs/guides/linuxguide.pdf 13-ая страница, третий пункт.

[krypt3r]

ipatina Проверьте, установлены ли MPICH или OpenMPI. После их установки нужно прописать в $PATH путь к бинарнику mpicc. Также установите переменные окружения $JAVA_HOME и $MPJ_HOME

Answer 1

[Антон Уланов]

-I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux

Comments

[ipatina]

Не работает. Та же ошибка.

[Антон Уланов]

locate jni.h что выдает?

[ipatina]

/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/include/jni.h
/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_73/include/jni.h

[Антон Уланов]

попробуйте make -I/usr/lib/jvm/jdk*/include

[ipatina]

Нет, не работает.

[Антон Уланов]

проверьте правильность установки JDK JRE и правильность их настроек в окружении

[ipatina]

А не подскажите как проверить правильность установки JDK JRE?

[Антон Уланов]

какая у вас OS?

[ipatina]

Ubuntu GNOME 15.10 64-bit.
Пробовала ещё на Xubuntu 14.04 - тоже ошибка.

[Антон Уланов]

достаточно хороший ман https://www.digitalocean.com/community/tutorials/j...

[Антон Уланов]

и еще один ман help.ubuntu.ru/wiki/java

[Антон Уланов]

мне почему то кажется что 15.10 еще сырая и я использую 14.04

[ipatina]

Я бы тоже использовала 14.04. Но мне нравится GNOME версии 3.16, а он идет с Ubuntu 15.10.

[ipatina]

Спасибо за помощь)

[Антон Уланов]

мне гном разонравился с 3 ветки. много жрет и мало делает ушел на mate в место нового гномика, хотя у меня 3 ос используется для работы (винда, proxmox и ubuntu server)

[Антон Уланов]

ссылки помогли?

[ipatina]

К сожалению, нет.

[Антон Уланов]

попробуйте переустановить jdk jre

[ipatina]

Через Synaptic нормально переустановится?

[Антон Уланов]

я бы сделал через терминал

[ipatina]

Переустановка не помогла.

Answer 2

[Данила]

Только не sudo make -I /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_73/include/
а gcc -I /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_73/include/
поскольку это директива для компилятора, а посему вообще прописать бы в make файл в секцию CC_OPT
Например так

CC_OPT   = -shared -DJNI_PACKAGE -I/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_73/include -I/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_73/include/linux

Comments

[ipatina]

Это который Makefile называется?

[Данила]

ipatina: он самый

[ipatina]

На gcc ругается:
gcc: fatal error: no input files
compilation terminated.

[ipatina]

А make всё равно ошибку выдает.

[Данила]

весь makefile пжалста, телепаты в отпуске

[ipatina]

Пожалуйста https://gist.github.com/ipatina/d9d308b3b8d4e38b1ed8

[ipatina]

На 50 строке - то что вы посоветовали дописать.

[Данила]

ipatina: А можно тогда еще на CMakeFiles/Makefile2 посмотреть, ибо здесь не видно компиляции, суть проста: теперь надо компилятору отдать данные, что в переменной CC_OPT, и похоже что компиляция она там во втором makefile.
смотрим цель "all:" ибо она заявлена по умолчанию, а там из любопытного только вызов далее, так что надо копать глубже.

[ipatina]

Конечно, вот смотрите https://gist.github.com/ipatina/c1cd6e1248a1d3d697dc

[Данила]

ipatina: Я балда, прошу пардона, это же cmake (не силен однако), в переменной INCLUDE_DIRECTORIES пути для инклудов указываются, и подключаются функцией include_directories().
CMakeLists.txt - посмотрите.

И еще ответ вот этот посмотрите stackoverflow.com/a/19034458/1418546

[ipatina]

Да, спасибо большое, сработало)