влияют, но только страновые, труднорегистрируемые зоны
domain.de, domain.fr будут выше de.domain.com, fr.domain.com при прочих равных условиях
то же относится к странам, где первого уровня зарегить нельзя, например com.au, co.uk (в uk что-то менялось, не помню, кажется, можно уже и uk просто)